侯耀文曾有三次婚姻。侯耀文的第一任妻子名叫刘彦，与侯耀文原来是铁路文工团的同事。刘彦是一位舞蹈演员。刘彦与侯耀文有一个女儿，已经20多岁了。1990年侯耀文和袁茵结婚，袁茵曾为北京电影学院高材生，比侯耀文小20岁。婚后5年，两人育有一子，为了家庭，袁茵渐渐淡出了演艺圈，过起了相夫教子的幸福生活，一同走过了十几年，袁茵在事业上曾是侯耀文的左膀右臂，侯耀文曾表示自己的很多相声作品也都是由夫人参与创作的，其中相声《京九演义》就出自夫人和自己的联袂合作。
2004年侯耀文与袁茵离婚一事曾被媒体炒得沸沸扬扬，曾有媒体放出风来称侯离婚是因为戴志诚，但最终因双方否认而告终。一度有报纸媒体采访此事，侯耀文表现得很大度，保护袁茵，称离婚此事与戴志诚无关，而且本人与戴志诚的关系很好。其实这件事情在曲艺界不是秘密，而且离婚后，侯耀文与戴志诚便水火不容，有演出，二人都非常避讳，从不同台。后来，侯耀文和袁茵均已再婚，侯耀文娶了比自己小了很多的舞蹈演员，袁茵也的确和戴志诚结为夫妻。
侯耀文2004年做客《名人访谈》，这是他离婚后首次出现在公众视野中。面对主持人关于“第二次婚姻又失败”的隐晦提问，侯耀文回答：家庭和事业不能兼顾。
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